הרב צבי יהודה קבע כלל פרשני על פרשיות התורה, אותו הוא מיישם בכל התורה כולה. הכלל הזה הוא "כלל הזוגיות". על פי כלל זה, מוצא הרב צבי יהודה הקשרים רוחניים ומהותיים מאוד בין כל צמד מפרשות התורה. זהו מבנה שיטתי של הרב צבי יהודה השזור במהלך כל התורה, חידוש יצירתי ומקורי בהבנה הפרשנית של פרשיות התורה וכן בהבנה הרוחנית של הדברים.