הרב נתנאל אריה נולד בשכונת נחליאל בחדרה. בנעוריו למד במדרשית נועם בפרדס חנה, והיה מקורב מאוד לרב יהושע יגל זצ"ל. מהמדרשיה המשיך לישיבה ליטאית בראשות הרב ברוך מידן, משם עבר לישיבת הגולן והתחנך אצל ראש הישיבה הרב אמנון שוגרמן, הרב מנשה שמרלובסקי, הרב אהרן איזנטל והרב יהושע ויצמן אצלו למד שנים רבות ובו הוא רואה מורו ורבו. בחלוף השנים הרחיב את השכלתו הכללית; סיים תואר שני בהיסטוריה וחינוך יהודי, בוגר התכנית להכרת העת החדשה ב"מכון ון-ליר" ולאחרונה הקים את מכון "אפיקי דעת" ביחד עם סגל מרצים בוגרי הישיבה העוסק בבשורה היהודית לעידן הפוסטמודרני.